Beca: Financiación completa
Titulación: Licenciatura, Máster
Nacionalidad: Estudiantes internacionales
Ubicación: Dinamarca
Plazos de solicitud: Abierto
Descripción de la beca:
Cuestión científica . Los seres humanos son diploides, por lo que existen dos versiones de cada cromosoma, una heredada de la madre y otra del padre. Determinar las secuencias de ADN de estas dos copias cromosómicas -llamadas haplotipos- es importante para muchas aplicaciones que van desde la historia de la población hasta cuestiones clínicas. Las tecnologías de secuenciación existentes no pueden leer un cromosoma de principio a fin, sino que entregan pequeños trozos de secuencia (llamados lecturas). Como en un rompecabezas, las secuencias subyacentes del genoma se reconstruyen a partir de las lecturas encontrando los solapamientos entre las secuencias. Desarrollamos algoritmos para resolver el ensamblaje del genoma para diploides, es decir, “para resolver simultáneamente dos rompecabezas con imágenes muy parecidas pero diferentes”. Aplicaremos este método a los genomas del cáncer que presentan reordenamientos complejos.
Enfoque . Debido a los errores de secuenciación en las lecturas y a las regiones genómicas heterocigotas y repetitivas, el problema del ensamblaje es un reto. En las últimas décadas, los investigadores lo han resuelto como un problema de grafos de solapamiento, donde los nodos son las lecturas y las aristas representan el solapamiento entre las lecturas. Para detectar las regiones en las que los haplotipos difieren (lo que se denomina heterocigosidad), buscamos estructuras locales simples denominadas burbujas. Una burbuja es un tipo de subgrafo acíclico dirigido con un único vértice de origen y otro de destino que consta de múltiples aristas (con la misma dirección) entre estos pares de vértices. Una vez identificadas las burbujas, se simplifican eliminando las estructuras que probablemente sean resultado de errores de secuenciación. Las burbujas resultantes se pueden utilizar para resolver el “problema de las fases”: encontrar las rutas de los haplotipos basándose en el marco de máxima verosimilitud.
Asignaturas disponibles:
Bioinformática
Criterios de elegibilidad:
Requisitos.
- Programación: C++, python, shell scripting, algoritmos de grafos.
- Conocimientos básicos de herramientas bioinformáticas
- Entusiasmo por resolver el problema
Posibilidad de trabajar a distancia, con reuniones periódicas en el campus.
Lo que obtendrás
- Amplia tutoría en métodos computacionales
- Conocimiento de cómo, conceptualmente, podemos resolver problemas biológicos utilizando métodos
computacionales.
- La oportunidad de trabajar en un entorno diverso que incluye personas con conjuntos de habilidades muy diferentes
pero con habilidades complementarias.
- La responsabilidad y la satisfacción de ser dueño de su propio proyecto.
Los candidatos serán convocados a una breve discusión (entrevista) para acceder a su creatividad,
razonamiento y capacidad de resolución de problemas.
Proceso de solicitud
Para más información, póngase en contacto con la Sra. Feng, Departamento de Informática, Universidad de Surrey, Póngase en contacto con Shilpa Garg ( [email protected] , [email protected] ) e incluya su CV si está interesado en inventar el futuro de la biología utilizando técnicas computacionales.
